Омоним в таксономии — название биологического таксона, орфографически идентичное другому (или настолько сходное с ним по написанию, что может рассматриваться как орфографически идентичное), но основанное на другом номенклатурном типе.
Для приведения в тексте ссылки на конкретный омоним используются латинские союзы non («не») и nec («и не»).
Например, запись Bartlingia Brongn. (1827) non Rchb. (1824) nec F.Muell. (1877) обозначает, что рассматривается таксон Bartlingia, описанный Адольфом Теодором Броньяром в 1827 году, а не таксоны, которым в 1824 и 1877 году соответственно Людвиг Рейхенбах и Фердинанд фон Мюллер дали то же имя.
При обнаружении таксономических омонимов принимаются меры по их устранению, суть которых заключается в том, что действительным названием признаётся лишь старший омоним, а младшие омонимы замещаются.
Классическим примером устранения омонимии может считаться случай с родовым названием утконоса. Сначала для этого рода животных было предложено название Platypus G.Shaw 1799, однако к этому времени родовое название Platypus уже было использовано Иоганном Гербстом для одного из родов жуков-короедов (Platypus Herbst 1793). Поскольку оба этих названия относятся к животным и попадают под действие Международного кодекса зоологической номенклатуры, из двух названий — Platypus Herbst 1793 и Platypus G.Shaw 1799 — первое следует признать старшим омонимом, а второе — младшим омонимом, подлежащим исключению; вместо него используется замещающее его название Ornithorhynchus Blumenbach 1800.
Названия родов не должны быть одинаковыми лишь в пределах юрисдикции каждого из кодексов биологической номенклатуры, поэтому роды, относящиеся к юрисдикции различных кодексов, не считаются таксономическими омонимами даже в случае совпадения своих наименований и к ним не должна применяться процедура устранения омонимии. В английском языке для таких названий используется термин valid homonyms (можно перевести как «законные, или действительные, или действующие омонимы»), в русском языке соответствующего устоявшегося термина нет.