Эта местность впервые описывается в писцовой книге 1498/99 года в составе Никольского Молдинского погоста Бежецкой пятины. Во второй половине XVIII века в Молдине помещиком был Клементий Пыжов (участник войны с Польшей 1754-1757 годов). В 1716 году в селе была построена каменная Преображенская церковь с 3 престолами[2]. С 1773 года в селе построена церковь во имя Успения Божией Матери, сохранившаяся до наших дней в довольно ветхом состоянии[3]. В середине XIX века частью села Молдино владели помещики Милюковы. Их крепостной Григорий Сорока (Васильев) был известен, как талантливый художник пейзажист и портретист, ученик А.Г.Венецианова.
В конце XIX — начале XX века село входило в состав Лугинской волости Вышневолоцкого уезда Тверской губернии.
В советское время здесь была центральная усадьба колхоза "Молдино", которым более 50 лет руководил Е.А.Петров[4].