Создатель маньчжурского государства Поздняя Цзинь Нурхаци в своей борьбе за объединение маньчжурских племён заключал союзы с восточномонгольскими князьями, брал в жёны и наложницы представительниц их родов. В 1612 году хорчинские, джарудские и южно-халхаские князья заключили с Нурхаци формальный союз. Глава чахаров Лигдэн-хан, претендовавший на власть над всеми монголами, в 1619 году попытался заключить с Нурхаци союз против минского Китая, но из этого ничего не вышло; наоборот началась маньчжурско-чахарская вражда. Тем временем восточные монголы тянулись к маньчжурам; «пять халхаских племён» заключили «вечный клятвенный союз» с Нурхаци. В апреле 1624 года такой же союз равных сторон заключили с маньчжурами хорчинские монголы; их общим врагом был объявлен Лигдэн-хан.
После смерти Нурхаци в 1626 году маньчжуров возглавил его сын Абахай, который продолжил начатую его отцом политику дробления монголов и заключения союзов с отдельными их группами. В 1628 году объединённое маньчжуро-монгольское войско во главе с Абахаем выступило в поход на чахаров, но Лигдэн-хан не принял боя и ушёл вглубь степей. В 1632 году Абахай совершил новый поход в Чахар, и вновь Лигдэн-хан бежал; маньчжурам не удалось его догнать, но они разграбили всё, что было возможно. В 1634 году Лигдэн-хан умер от оспы; его сын Эджей-хан в следующем году признал поражение от маньчжуров, и преподнёс Абахаю великую печать императора Юань.
В 1636 году Абахай переименовал своё государство из Поздней Цзинь в империю Цин, а сам принял два титула сразу — императора и богдохана. Таким образом, как официальный преемник властителей государства Северная Юань, император государства Цин теперь формально считался главой всех монголов, хотя в реальности ему подчинялись лишь восточные и южные монголы.
С 1622 года воюющие вместе с маньчжурами монгольские отряды организовывались по образцу маньчжурской восьмизнамённой армии, и к 1635 году было создано восемь монгольских «знамён». Вместе с маньчжурами монголы с 1644 года участвовали в завоевании Китая. Однако в 1646 году обстановка в Монголии неожиданно осложнилась: южное княжество Сунит во главе с Тэнгисом вышло из под цинской власти, непокорные ушли в Халху под покровительство Цэцэн-хан Шолоя. Туда были посланы войска под командованием князя Додо, однако маньчжуры столкнулись с упорным сопротивлением конницы Цэцэн-хана, Тушэту-хана Гомбо и местного населения. Несмотря на первоначальный успех, Додо в 1647 году пришлось прервать свой поход и повернуть назад из-за нехватки сил для ведения затяжной войны в степях Халхи. Несмотря на сомнительный исход экспедиции Додо, регент Доргонь, ссылаясь на богдыханский титул императора, потребовал от ханов и князей Халхи присылки их сыновей или братьев в Пекин, где бы они жили в качестве заложников, однако это унизительное требование было отвергнуто халхасцами.