Окрестности Моргантины были заселены ещё со времён палеолита, однако следы жизнедеятельности людей, непосредственно на месте города возникли в период позднего бронзового века
По предположению Антиоха Сиракузского, город получил своё название от древнего племени моргетов, которые ранее, вместе с племенем сикулов проживали в материковой Италии в районе Региума, но под давлением племени энотров переселились на Сицилию[2].
Первое упоминание о городе, относящееся к 459 году до н. э., встречается у Диодора Сицилийского, который рассказывает о захвате города Дукетием, вождём сикулов. Дукетий объединил сикульские города и вёл борьбу с греческими поселениями на острове.
...царь сикелов, Дукетий, человек из прославленной семьи и влиятельной в то время, основал город Мены (Menaenum) и раздал окрестные земли поселенцам, и совершил поход против сильного города Моргантины и, покорив его, он приобрел славу среди своего собственного народа[3].
Вероятно, уже в 450 году до н. э. после поражения Дукетия близ города Номы, Моргантина перешла под власть соседних Сиракуз.
В 424 году до н. э. после выступления сиракузского оратора Гермократа в городе Геле сицилийские города заключают мир. По результатам этого соглашения, Сиракузы уступают Моргантину за денежный выкуп соседней Камарине[4].