Народы маранао, магинданао, сангилы населяют юг и юго-запад острова Минданао, сулу и самаль — острова Сулу, острова Кагаян-Сулу, юг острова Палаван, острова Балабак, Рамос, Панданан, Бугсук и другие, яканы — острова Сулу, Басилан, Пилас, Кулудлуд и другие, таусог — юг Минданао, мембуганоны — острова Палаван и Балабак, джама и мапуны — острова Кагаян-Сулу, баджау — острова Тави-Тави. Часть живёт на Калимантане и в горах Минданао.
Сами моро связывают своё происхождение с легендарным сейидом Мухаммедом Кабунгсаваном из Хадрамаута, прибывшего на Филиппины из Джохора. Очевидно, что народы моро сформировались на основе местного населения при участии и переселенцев из Малайзии. Часть переселилась с острова Калимантан. В XV веке малайские купцы занесли на острова Сулу ислам. Сначала его восприняла феодальная верхушка, затем он распространился среди простого населения. В XV веке здесь возникают ранние султанаты. Первым султанатом был султанат Сулу, со столицей Холо.
К началу испанской колонизации население Филиппин на побережье основных островов исповедовало ислам. Испанцы, стремящиеся заполучить колонии, богатые природными ресурсами и расположенные на оживлённых торговых путях, столкнулись с ожесточённым сопротивлением мусульман. Испанцы назвали филиппинских мусульман моро, что созвучно с маврами. Это были воинственные народы, из народности самаль, например, вышло немало пиратов.
Поднявшееся антиколониальное восстание продолжалось до 1898 года, когда Испания потерпела поражение в войне с Соединёнными Штатами. Согласно Парижскому договору 1898 года, Филиппины перешли под юрисдикцию США, что вызвало возмущение моро.
Со времён колониального господства Испании на Филиппинах, начавшегося в середине XVI века, целью всех правительств было достижение политического господства на Минданао, путём переселения на юг филиппинцев-христиан, а также обращение его жителей в католичество.
Такая политика привела к тому, что из большинства на Минданао и островах архипелага Сулу мусульмане превратились в меньшинство и составляют лишь 17 % населения региона. Кроме того, в результате несправедливого распределения земель, например, на маленьком острове Басилан, где мусульмане составляют 71 % населения, христиане владеют 75 % земельных угодий, а 75 % оборота местной торговли сосредоточено в руках местных китайцев.