Основные функции Японского флота — защита территории Японии от нападения с моря, защита островных владений Японии и исключительной экономической зоны.
После капитуляции в войне, в 1945 году Императорский флот Японии был расформирован, согласно Потсдамской декларации. Корабли флота были разоружены, а некоторые из них, например, линкор «Нагато», были захвачены союзными державами в качестве репараций. Остальные корабли использовались для репатриации японских солдат из-за границы, а также для разминирования территории вокруг Японии. В конечном итоге оставшийся флот был передан недавно созданной Береговой охране Японии, которая помогла сохранить ресурсы и опыт военно-морского флота.
В 1952 году в составе Береговой охраны Японии были сформированы Силы безопасности, в состав которых вошли минно-тральный флот и другие военные суда, в основном эсминцы, предоставленные Соединенными Штатами. В 1954 году Силы безопасности Береговой охраны Японии были формально переданы как военно-морское подразделение в состав Сил самообороны Японии после принятия Закона о силах самообороны 1954 года.
Первыми кораблями в составе Морских сил самообороны Японии стали бывшие эсминцы ВМС США, переданные под контроль Японии в 1954 году. В 1956 году Морские силы самообороны Японии получили свой первый со времен Второй мировой войны эсминец японского производства — Харукадзэ. Из-за угрозы холодной войны, исходящей от значительного и мощного подводного флота ВМС СССР, Морские силы самообороны Японии в первую очередь выполняли противолодочную роль.
В 1991 году тральщики ВМС Японии были направлены в Персидский залив — в июне 1991 года они прибыли и в дальнейшем участвовали в разминировании акватории[1].
ВМС состоят из 4 командований: эскортных сил, подводных сил, авиационного и учебно-опытового. В свою очередь, командование эскортных сил разделено на 4 флотилии, а командование подводных сил — на 2 флотилии.