Мысхакский сельский округ, как сельские округа в целом, в ОКАТО и также Уставе Новороссийска[2] числится в подчинении администрации города Новороссийска. В Росстате учитывается в составе Южного района и является его основой.
Согласно информации с официального сайта, округ находится в подчинении Новороссийского района города Новороссийска[3][4].