Мэри берёт своё начало неподалёку от посёлка Бурубин. Общее направление течения — с юга на север, хотя по пути она совершает огромное количество замысловатых изгибов. Протекает через населённые пункты (от истока к устью): Кенилворт[англ.], Гимпи, Тиаро[англ.], Мэриборо[1] и впадает в пролив Грейт-Сэнди[англ.], расположенный на границе Кораллового и Тасманова морей, напротив острова Фрейзер. В Мэри впадает 19 притоков[2]. Длина реки — 291 км.[источник не указан 1935 дней] Высота истока — 209 м над уровнем моря.[источник не указан 1935 дней] Площадь водосборного бассейна — 9595 км².[источник не указан 1935 дней] Уклон реки — 0,718 м/км.[источник не указан 1935 дней]
Аборигены называли эту реку Мукубула. 10 мая 1842 года европейскими исследователями Эндрю Петри[англ.] и Генри Расселлом[англ.] ей было дано новое имя Уайд-Бэй, но уже 8 сентября 1847 года название реки было изменено на нынешнее: Чарльз Фицрой[англ.], тогда губернатор Нового Южного Уэльса, переименовал её в честь своей жены леди Мэри Леннокс (1790—1847)[3]. В 1867 году в реке у Гимпи было обнаружено золото, что привело к локальной золотой лихорадке.
В 2006 году правительство штата объявило о начале строительства на реке плотины Трейвстон-Кроссинг[англ.] к югу от Гимпи[4]. В 2009 году проект был отменён министром окружающей среды Питером Гарреттом в связи с протестами местных жителей и потенциальным нарушением экологической ситуации в регионе[5].
Периодически на реке случаются наводнения, одно из крупнейших произошло в 2010—2011 годах, когда уровень воды в Мэриборо поднялся на 8,2 метра выше нормы, а в Гимпи на 19,3 метра[6][7].
В реке живут редкие черепахи Elusor macrurus. Из других редких животных можно отметить таких рыб как рогозуб и треска реки Мэри[англ.], в нижнем течении встречаются гребнистые крокодилы длиной до 3,5 метров[8].