Родился в семье навахо / юта. В детстве подарили небольшую флейту, сделанную из кедра. Выпустил свой первый альбом Changes в 1983 году. Два его альбома Canyon Trilogy и Earth Spirit получили золотой статус.
Карлос Накай познакомил мир с индейской флейтой. Выступает совместно как в ансамблях с другими музыкантами так и с симфоническими оркестрами.