В лечении многих заболеваний башкиры использовали мёд, езду на лошадях. Познания башкир в рудоплавке помогали разведать рудные месторождения и строить рудоплавительные заводы в Башкирии в XVII—XVIII веках.
Российской академией наук с целью изучения территории, природных богатств, населения, исторических памятников Южного Урала в составе Российской империи в 1768—1774 годах были направлены академические экспедиции в составе академиков П. С. Палласа, И. Г. Георги, И. И. Лепехина, И. П. Фалька. Большое значение в экспедициях придавалось обследованию и оценке экономического состояния края, разведке полезных ископаемых, топографическим съемкам, ботаническим и географическим исследованиям. Изучались металлургические и горнорудные заводы края, башкирские промыслы. Впервые было произведено систематическое описание хозяйства, быта, обычаев и верований тюркских, славянских, финно-угорских народов Урало-Поволжья.
В изучение истории обычаев башкирского народа, культуры и языка внесли большой вклад и башкирские ученые просветители. Так М. Бекчурин (Бикчурин, Биксурин), составил сравнительный словарь башкирского языка. М. Куватов и С. Батыршин опубликовали образцы башкирского фольклора, этнографы М. Баишев и В. Юлуев внесли весомый вклад и изучение истории народа. М. Султанов издал сборник башкирских и татарских мелодий, врач и филолог М. Кулаев разработал азбуку для башкир на базе русской графики и составил грамматику башкирского языка по типу европейских.
В 1919- 1937 годах в Уфе работал Уфимский физический институт — научно-исследовательское и учебно-вспомогательное учреждение областного значения (директор- К.П.Краузе), который фактически подготовил открытие кафедр естественных наук будущих высших учебных заведений в республике. В УФИ работали такие учёные, как Л. Л. Васильев (физиолог), Н. Г. Пономарёв (астроном), Е. Н. Грибанов (радиофизик), Е. М. Губарев (биохимик) [1], А. Н. Глазырин (специалист в области методики физики) и др. В 1937 году некоторые сотрудники УФИ были арестованы, а институт был закрыт, о его существовании долгие годы не принято было говорить.
В 20-х годах XX века в Башкирии имелся научный потенциал области естественных и гуманитарных наук, основой для которых были исследования краеведческих обществ.
В 1922 году научный отдел Наркомпроса Башкирской АССР утвердил положение о научном «Обществе по изучению быта, культуры и истории Башкирии». В обществе было три секции: лингвистическая, этнографическая и историческая. Издавались три краеведческих сборника: «Башкорт аймагы», «Башкирский краеведческий сборник» и «Хозяйство Башкирии». В сборниках освещались различные вопросы истории, быта, культуры и языка башкир. В 1920-х годах известность своими исследованиями обретают археолог М. И. Касьянов, этнограф Г. Ф. Вильданов, языковед К. З. Ахмеров и лингвист З. Ш. Шакиров.