Компания «Нафта Москва» была создана в 1992 году на базе всесоюзного внешнеэкономического объединения «Союзнефтеэкспорт»[2].
В 2000-х годах «Нафта Москва» контролировала крупные пакеты акций Сбербанка (более 6 % акций) и «Газпрома» (более 4 % акций). Помимо этого, компании принадлежали операторы кабельного телевидения в Москве и Санкт-Петербурге — «Мостелесеть» и «Национальные кабельные сети», а также проект «Рублёво-Архангельское», один из крупнейших элитных проектов жилой и коммерческой недвижимости в Европе. В конце 2005 года компания за $900 млн купила «Полиметалл», вторую золотодобывающую компанию России. Впоследствии компания избавилась от пакетов акций Сбербанка, «Газпрома» и «Полиметалла».
В настоящее время «Нафта Москва» владеет пакетами акций «Ростелекомa» (5,8 %[4]), группы ПИК (38,3 %[5]), «Полюс Золото» (37 %[6]) и ряда других компаний[7].
Управляющей компанией холдинга является офшорная корпорация — «Нафта Москва (Кипр) Лимитед», представители которой входят в советы директоров компаний, контролируемых холдингом[8][9].
Ранее функции управляющей компании выполняло открытое акционерное общество «Газовая нефтяная компания «Нафта Москва» (ОАО «ГНК «Нафта Москва»), ликвидированное в 2007 году[10].