Музей был открыт в 1973 году решением правительства. Первая экспозиция была представлена в 1984 году в честь 1300-летия Болгарского государства. В 2000 году музей переместился в здание правительственной резиденции «Бояна», София.
Первым директором музея был историк, член-корреспондент Болгарской академии наук Страшимир Димитров.
Наиболее ценными являются коллекции археологических находок от палеолита до средневековья.Кроме того здесь экспонируются старинные монеты, оружие, предметы быта, мебель, карты, геральдические символы, редкие исторические фотографии, церковная утварь, марки.