При Нифонте в 1310 году был ликвидирован церковный раскол, известный под названием «арсенитского». К нему тверским епископом Андреем с обвинениями в адрес митрополита Петра был отправлен монах Акиндин. В ответ Нифонт прислал тверскому князю Михаилу Ярославичу послание, в котором осуждал возможные действия Петра.