Новосибирский государственный художественный музей учреждён в Новосибирске распоряжением Совета Министров РСФСР от 16 января 1957 г. № 16 «Об организации в г. Новосибирске областной картинной галереи», в том же году началось формирование коллекции музея. Открытие для посещения состоялось 27 декабря 1958 года. В 2004 году Новосибирская картинная галерея преобразована в музей.
Первоначально галерея занимала первый этаж пятиэтажного жилого дома по улице Свердлова. С 1982 года музей размещен в здании бывшего Сибревкома. Часть здания, построенная в 1926 году архитектором А. Д. Крячковым — памятник архитектуры республиканского значения. В 1948 году к нему была сделана пристройка. До момента размещения в здании Картинной галереи, здесь располагались областной и городской комитеты КПСС.
Кроме Новосибирского художественного музея в здании находятся Музей восковых фигур, Новосибирский музей игрушки и Театр художественной куклы.
В основе коллекции музея экспонаты, переданные в конце 1950-х —начале 1960-х годов Министерствами культуры РСФСР и СССР, Третьяковской галереей, Государственным Русским музеем (13 работ), Павловским дворцом-музеем (22 работы), Пермской картинной галереей (16 работ)[1], ГМИИ им. А. С. Пушкина, Государственным Эрмитажем и другими музеями России. Первыми частными дарителями музея выступили П. Е. Корнилов (Ленинград) и В. М. Пивкин (Новосибирск).
В 1960-е — 1980-е годы музей проводит самостоятельную политику в области комплектования своих фондов. С 1962 по 1982 год директором музея являлась Мария Качальская.
Представлены иконы XVI — XX вв. Московской школы, Строгановского направления, Поволжья, Украины, Урала и Сибири.