Университет был основан королевской хартией после утверждения королем Генрихом III в 1261 году.[1] Это был третий университет в Англии, после Оксфорда и Кембриджа, и 22-й в Европе. После того, как епископы и магнаты сообщили королю, что Нортгемптон представляет угрозу для Оксфорда, Генрих III распустил университет в 1265 году и подписал королевский указ, который запрещал создание университета в Нортгемптоне.
В 2005 году указ был отменен тайным советом, что позволило присвоить университетскому колледжу Нортгемптона (основанному в 1924 году) статус университета и дать ему название Нортгемптонский университет.
Нортгемптон в XIII веке играл гораздо более важную роль, чем сегодня, поэтому основание университета именно в этом городе выглядело закономерным. Город также краткое время был резиденцией короля.[2]
Университет Нортгемптона был основан во время правления короля Ричарда I Львиное Сердце как школа. Ричард заботился о школе, и, как сообщает по крайней мере один историк, между 1176 и 1193 гг. школа в Нортгемптоне «сравнялась с Оксфордской школой или даже затмила её»[3]. После смерти короля Ричарда школа потеряла королевскую протекцию, однако всё ещё пользовалась покровительством Симона де Монфора[4] во времена правления короля Иоанна и его сына Генриха III.
В Кембридже в 1249 году и во второй раз в 1260 году произошли жестокие столкновения между жителями города и «учёными» (англ. town vs. gown), в результате которых были казнены 16 горожан и строго наказаны многие другие. Вслед за этим несколько учёных сбежали из Кембриджа и нашли убежище в Нортгемптоне. В 1261 году перед Генрихом III ходатайствовали о том, чтобы разрешить размещение университета в городе.
Существование университета было недолгим. Через четыре года после его создания, во время осады Нортгемптона (часть кампании короля против баронов, завершившейся поражением последних в битве при Ившеме), учёные оказали сопротивление вступлению сил короля в город, в результате чего Генрих III лишил город лицензии на университет.[5]