Возник в ходе строительства Нурекской ГЭС путём преобразования 16 декабря 1960 года кишлака Нурек в город районного подчинения (Орджоникидзеабадского района).
Развитая промышленность и быстрый рост населения привели к тяжелому экологическому положению в Нуреке: из-за нехватки инфраструктуры для сбора отходов город оказался переполненным свалками, не соответствующими санитарным нормам[9].
В Нуреке на высоте 2200 м расположен оптико-электронный комплекс «Окно» («Нурек») системы разведки космической обстановки (РКО), принадлежащий Воздушно-космическим силам Российской Федерации.