Начинается на северных склонах Гималаев, протекает по узкой долине и впадает в Брахмапутру (которая в месте впадения Ньянгчу носит название Цангпо)[1].
Долина Ньянгчу отличается плодородностью. По ней проходит основной транспортный путь из Сиккима в Лхасу через Гималаи[1]. На реке стоит посёлок Гьянгдзе[3].