Окница была основана как железнодорожная станция в 1890-х годах при строительстве Новоселицкой ветви Юго-Западных железных дорог, которая начиналась в Жмеринке и Слободке, сходилась в Окнице и оканчивалась в Новоселице. Линия строилась в течение пяти лет (с 1892 по 1897 годы), её протяжённость составляла 520 вёрст. Окница была заложена на пересечении двух ветвей, Новоселицкой и Могилёвской, на 247-й версте от Слободки.
В 1898 году в Окнице было 45 владельцев земли общей площадью 8 десятин 1660 саженей. В 1904 году в городе проживало 3 240 человек, имелась церковь, школа с двумя классами и земство. К 1910 году здесь действовали основное депо, мастерские для малого ремонта паровозов и вагонов, находилось управление участниками пути и тяги. Бессарабские грузы через Окницу поступали на главную магистраль Юго-Западных и в провинции Австро-Венгрии. В 1903 году на станции Окница завершается строительство железнодорожного вокзала.