Смысловой основой ордена стало Государственное знамя Дании, на красном поле которого изображён белый крест.
В июне 1219 года датская армия во главе с королём Вальдемаром II и архиепископом Андерсом Сунесеном высадилась в Эстляндии у местечка Линданисе (Таллин). Датчане приплыли на судах, чтобы сразиться с язычниками-эстами, но лишь только они причалили к берегу, как к королю явились эстонские князья с просьбой о пощаде и согласием на христианское крещение, Однако покорность эстов была притворной, и уже через три дня они ночью со всех сторон напали на датский лагерь.
В войске короля Вальдемара началась паника, и всё, казалось бы, предвещало полное поражение. Но князь Витслав, расположившийся со своей дружиной на морском берегу, храбро бросился в бой с эстами. За это время король собрал своих конных воинов под красным знаменем Данеброг, о котором легенда рассказывает следующее.
Во время битвы датчан с эстами, когда исход сражения для короля Вальдемара был ещё сомнителен, архиепископ Сунесен взошёл на возвышенность, воздел руки к небу и стал молить Бога о победе. Когда же руки его опустились от усталости, то подошли другие священники, чтобы поддержать архиепископа. В это время, взамен утерянного, спустилось с неба красное знамя с изображением белого креста и был слышан голос: «Если будете держать это знамя высоко, то останетесь победителями». Чудо остановило начавшееся было бегство датчан и принесло им победу.
По преданию, орден появился в том же 1219 году, однако неизвестно ни одного награждения до 1671 года, когда король Кристиан V учредил орден заново.
В 1808 г. король Фредерик VI изменил статут и расширил орден, превратив его в орден за заслуги и открыв его для лиц, имеющих заслуги, независимо от их социального статуса. Он также увеличил число классов ордена с одного до четырёх: гранд-командор, большой рыцарский крест, командор и рыцарь (кавалер). В 1842 г. король Кристиан VIII постановил, что только датские и иностранные лица королевской крови могут быть гранд-командорами ордена. Королевские указы 1864 и 1951 г. разделили командорский и рыцарский классы ордена на две степени каждый. В 1951 г. орден был открыт для дам.