Парафили́я (от др.-греч. παρά — рядом и φυλή — фила) — понятие в таксономии, где группы включают лишь часть потомков последнего общего предка. Более формальное определение гласит: парафилетическая группа получается из монофилетической путём изъятия из состава последней одной или нескольких терминальных групп[1]. В такую группу входит её общий предок, но не все его потомки ей принадлежат. Понятие применимо к таким классификационным системам, в которых основным критерием группировки классифицируемых объектов в таксоны оказывается степень их родства, т. е. близости к общему предку.
Понятие парафилии возникло в рамках филогенетической систематики как результат логического анализа понятия монофилии и введено в научный обиход В. Хеннигом. Различный подход к статусу парафилетических групп предопределил существенные отличия во взглядах двух важнейших направлений современной систематики — эволюционной таксономии и кладистики.
Подход сторонников эволюционной таксономии к проблеме парафилии существенно не отличается от подхода, характерного для традиционной систематики: они трактуют парафилию как один из видов монофилии, а потому считают возможным сохранять в системе парафилетические таксоны.
Приверженцы же кладистики жёстко противопоставляют парафилию и монофилию в узком смысле этого слова, считая монофилетической группой лишь такую, которой принадлежат как общий предок, так и все потомки данного предка[2]. Только такие группы могут выступать в их системах в качестве таксонов, а парафилетические группы, по их мнению, не имеют (равно как и группы полифилетические) права на существование в системе. При необходимости сослаться (в ходе какого-либо обсуждения) на парафилетическую группу многие сторонники кладистики пишут её название в кавычках (тем самым показывая, что она не является валидной).
Парафилетическую группу, как правило, невозможно охарактеризовать уникальными синапоморфиями. Все общие свойства, которые можно указать для её представителей, относятся к симплезиоморфиям (унаследованы от более отдалённых предков, чем ближайший общий предок представителей группы) или гомоплазиям (возникли у разных представителей исследуемой группы независимо).
Характерные примеры широко известных парафилетических групп в биологической систематике: первичнобескрылые насекомые, беспозвоночные, рыбы, рептилии[4][5]. В кладистической систематике либо подразделяют данные группы на более мелкие группы (уже монофилетические), либо, напротив, расширяют их объём за счёт включения ранее не относившихся к ним специализированных групп.