Разработка проекта началась в 1935 году, первые лодки типа IX вступили в строй в 1938 году. В дальнейшем лодки улучшались, всего семь модификаций — A · B · C · C/40 · D1 · D2 · D/42. Всего было построено 193 лодки типа IX разных модификаций, тем самым лодки данного типа стали вторыми по количеству построенных среди всех подводных лодок Германии (после ПЛ типа VII).