Впервые упоминается в писцовых книгах Шелонской пятины 1498 года, как деревня Поддубье в Которском погосте Новгородского уезда[2].
В 1767—1772 годах в селе была возведена каменная церковь во имя Рождества Иоанна Предтечи. Место под строительство церкви выбирал владелец села, сенатор Иван Иванович Неплюев, в ней же он был и похоронен в 1773 году[3].
Село Поддубье, состоящее из 18 крестьянских дворов, при нём церковь, усадьба помещицы Неплюевой и ветряная мельница, упоминаются на карте Санкт-Петербургской губернии Ф. Ф. Шуберта 1834 года[4].
ПОДДУБЬЕ — деревня, принадлежит: ротмистру Ивану Неплюеву, число жителей по ревизии: 58 м. п., 61 ж. п.
Ведомству белого духовенства, число жителей по ревизии: 13 м. п., 19 ж. п.
В ней: церковь каменная во имя Крестителя Иоанна Предтечи[5] (1838 год)
ПОДДУБЬЕ — деревня господина Неплюева, по просёлочной дороге, число дворов — 25, число душ — 96 м. п.[7] (1856 год)