В 1689 году австрийский генерал Энеа Сильвио Пикколомини возглавил армию, которой было поручено завоевать Косово, Боснию и Македонию. Это было контрнаступление против Османской империи после турецкой кампании 1683 года, в ходе которой они почти захватили Вену. Но в то время Скопье поразила эпидемия холеры, и Пикколомини приказал поджечь город, чтобы остановить эпидемию. 25 октября 1689 года Скопье был подожжён на два дня. Многие дома и магазины сгорели дотла, но эпидемия не остановилась. Сам генерал Пикколомини также заразился холерой и вскоре умер.
Хотя многие источники утверждают, что причиной пожара в Скопье стала эпидемия холеры, другие считают, что это была месть за осаду Вены в 1683 году. Кроме того, Пикколомини был зол на то, что он обнаружил город полностью эвакуированным и заброшенным, и даже подумал, что это засада.
Вот что Пикколомини написал незадолго до того, как поджёг город: