Португальская Малакка — колония, в течение 130 лет находившаяся под властью Португалии. Один из ключевых пунктов Португальской империи.
Первым европейцем, достигшим Малакки, был Диогу Лопиш ди Секейра в 1509 г. В числе его спутников был и Фернан Магеллан, в то время простой солдат. Местный султан Махмуд Шах (1488-1528), уже наслышанный о португальцах от купцов, сперва радушно принял португальцев и заключил с ними торговый договор, однако через несколько дней, когда большинство солдат и матросов экспедиции Секейры находились на берегу, приказал напасть на них и попытаться захватить суда. Благодаря тому, что адмирал был вовремя предупрежден одним из офицеров, заподозрившим неладное, атаку малайцев на португальские корабли удалось отбить; однако те моряки, что находились на берегу, почти все были перебиты или захвачены в плен (таких около 20 чел.). После артиллерийского обстрела города и безуспешных переговоров о возврате пленных Секейра был вынужден отчалить.
В апреле 1511 г. Афонсу де Албукерки отплыл из Гоа с отрядом в 1200 солдат на 17 или 18 кораблях. Фернан Магеллан снова принимал участие в экспедиции, на это раз в качестве капитана. 1 июля флот подошел к Малакке. Несмотря на сильное сопротивление и использование малаккцами артиллерии, 24 августа 1511 года португальцы захватили Малакку. Город стал опорным пунктом португальцев в Юго-Восточной Азии.
Сразу же после захвата португальцы приступили к строительству мощной крепости, названной А'Фамоса. Для этой цели использовались плененные жители города и 1500 рабов султана, автоматически ставших рабами Мануэла I. Камень ломали из мечетей, гробниц и других городских сооружений.
Была создана новая администрация. Во главе города стоял «капитан крепости», подчинявшийся непосредственно вице-королю Индии. Он сменялся каждые три-четыре года. Заместителем «Капитана крепости» был «Капитан порта». Кроме того, был создан городской совет. Главный судья и секретарь совета назначались вице-королём, а шесть советников, заведовавших городскими финансами, судопроизводством и пр. выбирались местными португальцами. Руководители местного католического духовенства тоже входили в городской совет. Часть старой администрации португальцы сохранили. Ей подчинялись местные жители малайцы и другие нехристиане, она же надзирала над непортугальскими судами.
Все суда, идущие через Малаккский пролив, должны были заходить в Малакку и платить пошлину. Пытавшиеся пройти мимо перехватывались и топились португальскими патрулями.