Президентские выборы в Словакии 1999 года состоялись 15 мая (I тур) и 29 мая (II тур). Это были первые прямые выборы президента (ранее президент избирался парламентом). Во втором туре победу одержал Рудольф Шустер.
В выборах участвовало 10 кандидатов. Явка на выборах составила 73,89 % в первом туре и 75,45 % во втором.