В соответствии с Переходной Конституцией Республики Южный Судан главой государства и правительства, Главнокомандующим Народно-освободительной армией Судана и Верховным Главнокомандующим любых других регулярных войск является Президент. Избирается на 4 года всеобщим тайным голосованием. Может быть отрешён от должности в случае отставки, неспособности исполнять обязанности Президента и отрешения от должности (импичмента). В том случае, если президентское место освобождается до выборов, в течение двухнедельного срока его занимает Вице-президент.