Префектуры Японии — 47 административных единиц Японии высшего уровня. Они объединены в систему тодофукэн (яп. 都道府県 то-до:-фу-кэн). По этой системе страна состоит из 1 столичной префектуры то (яп. 都) — Токио, 1 губернаторства до: (яп. 道) — Хоккайдо, 2 городских префектур фу (яп. 府) — Киото и Осаки — и 43 префектур кэн (яп. 県). Для удобства в западном японоведении принято называть вышеназванные единицы «префектурами».
Каждая префектура управляется префектом (в случае Хоккайдо — губернатором) и у неё есть свои законодательный и административный аппараты. Для удобства префектуры часто группируются в регионы, которые не являются административными единицами.
Префектуры делятся на меньшие административные единицы. Это округа Хоккайдо, особые города, определённые указами правительства, и уезды. Округа, которых насчитывается 14, существуют только в префектуре Хоккайдо. Для остальных префектур единицей деления является уезд. К особым городам, определённым указами правительства, принадлежат города, население которых превышает 500 тысяч человек. Столица Токио к числу подобных городов не принадлежит, так как является городским конгломератом, а не городом.
Современная система административного деления была внедрена в период Мэйдзи в 1871, в результате чего были ликвидированы феоды хан и созданы префектуры. Это событие носит название «ликвидация ханов и основание префектур» хайхан тикэн (яп. 廃藩置県). В начале количество префектур соответствовало количеству хан — свыше 300 единиц. Со временем их сократили до 72, а в 1888 г. — до 47. Закон о местной автономии дал префектурам больше властных полномочий. Наконец, учитывая стремительное развитие урбанизации в Японии, японское правительство рассматривает проект реформирования префектур в 10 больших административных единиц.
Кроме префектур и уездов, в стране существуют административные единицы муниципального уровня, которые пользуются широкой автономией. Это центральные города префектур, особые города, собственно города, 23 специальных района Токио, а также посёлки и деревни.
К особым префектурам можно отнести Токио, Киото, Осаку и Хоккайдо. В период Эдо (1603—1867), сёгунат установил 9 городских районов, которыми управляли чиновники из центра (奉行支配地), и 302 районных города, которыми управляли городские чиновники (郡代支配地). С наступлением эпохи Мэйдзи 9 городских центров были превращены в округа фу, а 302 районных города — в префектуры кэн. В 1871 г., после административной реформы, в Японии было установлено 3 городских префектур фу — Токио, Киото и Осака. В 1943 г. городская префектура Токио была переименована в столицу то (хотя закона о столице утверждено не было).