Расположено на реке Чузик (бассейн Оби), в 480 километрах к северо-западу от Томска, рядом с Кедровым.
Основано в 1915 году купцом Григорием Качиным (Гришка Пудик), с 1939 по 1959 год было административным центром Пудинского района сначала Новосибирской, затем Томской областей. После ликвидации Пудинского района в 1959 году в составе Парабельского района. Затем, до 2004 года, входило в состав муниципального образования «Пудинское» с центром в Кедровом[2].
В 1930—1950-е годы Пудино и близлежащие посёлки служили местом ссылки, в 2005 году был открыт памятник жертвам политических репрессий.