Об его детстве информации практически не сохранилось, да и прочие биографические сведения о нём очень скудны и отрывочны; известно лишь, что он был сыном священника слободы Козловки, Бобровского уезда Воронежской губернии[3][4].
По окончании курса наук в Воронежской духовной мужской семинарии в 1824 году он поступил в Киевскую духовную академию, которую и окончил со степенью магистра в 1827 году[4].
По окончании КДА Павел Исаевич Лебедев был назначен профессором философских наук в Харьковскую духовную семинарию[4].
В 1834 году рукоположен в священники к Александро-Невской церкви Харьковской губернской гимназии и сделан её учителем Закона Божия[4].
Покойный архиепископ Харьковский Иннокентий (Александров), которому Высочайше поручено было в начале 1840-х годов составить «Памятник Православия», долженствовавший в себе заключать «свидетельства всех веков и времен, доказывающие неуклонное происхождение нашей веры от самого Иисуса Христа и святых апостолов и неизменную верность ее первоначальным уставам и преданиям Вселенской церкви», избрал протоиерея Лебедева своим ближайшим сотрудником по переводу церковных актов с греческого языка. Неизвестный автор в некрологе протоиерея Лебедева говорит: «Какую судьбу имел этот замечательный сборник, где он ныне обретается и явится ли когда-нибудь на свет к назиданию и утверждению умов многих, — это остается совершенно неизвестным». По этому поводу считаем не лишним отметить здесь, что помянутый «Памятник православия» до октябрьского переворота находился в числе рукописей Архива Священного синода[4].
В 1843 году протоиерей П. И. Лебедев был уволен от должности профессора Коллегиума; в 1850 году определен ординарным профессором в Харьковский университет по кафедре богословия и философии, а в 1858 году уволен от этой должности за выслугой лет[4].