Эктоми́я (от др.-греч. ἐκτομή «вырезание, усечение»), эксци́зия (лат. excīsiō «вырезание, иссечение») или экстирпа́ция (лат. exstirpātiō «вырывание с корнем») — как правило, полное удаление органа или чётко определённой анатомической части тела, в отличие от резе́кции (лат. resectiō «усечение»), которая подразумевает частичное удаление.
Обычно эктомия производится, если орган поражен опухолью (особенно если опухоль — злокачественная). Также эктомия производится при острых или хронических воспалениях (например, тонзиллит миндалин) или при наличии показаний к бесплодию (вазэктомия или кастрация), а эктомия зуба при невозможности сохранить разрушенный зуб.