Муниципа́льная рефо́рма в Российской Федерации — реформа системы местного самоуправления, которая в основном была проведена в 2003—2009 годы в России.
1 января 2006 года вступил в силу Федеральный закон № 131-ФЗ от 6 октября 2003 года «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации»[1]. Основной целью введения положений Федерального закона являлось устранение неопределённостей в разграничении предметов ведения и полномочий между органами государственной власти и органами местного самоуправления. Именно с этой целью была введена единая структура территориальной организации местного самоуправления. Полномочия Российской Федерации и субъектов Федерации в сфере регулирования местного самоуправления установлены на основе иных принципов, чем это осуществлено в предыдущей редакции Федерального закона, а также более подробно регулируется деятельность органов местного самоуправления.
Федеральный закон № 131-ФЗ от 6 октября 2003 года «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации», подписанный президентом 6 октября 2003 года, обязал органы власти всех субъектов РФ до 1 января 2005 года установить границы муниципальных образований в соответствии с новыми требованиями и наделить соответствующие муниципальные образования одним из следующих статусов: городское поселение, сельское поселение, муниципальный район, городской округ, а также внутригородская территория.
Сельским поселением мог стать один или несколько объединённых общей территорией сельских населённых пунктов (сёл, станиц, деревень, хуторов). Городским поселением мог стать город или посёлок городского типа (реже посёлок сельского типа) с прилегающей территорией (в состав городского поселения также могли быть включены сельские населённые пункты, не являющиеся сельскими поселениями). Муниципальным районом становились несколько поселений и межселенных территорий, объединённых общей территорией (исключения: Алеутский район с единственным поселением и единственным населённым пунктом в составе; Северо-Енисейский район, в составе которого отсутствуют городские и сельские поселения). Городской округ был определён как городское поселение, которое не входит в состав муниципального района. Внутригородской территорией была названа часть города федерального значения, являющаяся муниципальным образованием. Все прочие внутригородские муниципальные образования подлежали упразднению к 1 января 2006 года[2].
30 ноября 2011 года к Федеральному закону «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации» вступили в силу поправки, вводящие уточнения типа муниципальных образований в городах федерального значения: внутригородская территория как внутригородское муниципальное образование[3].