Савона была первоначально заселена лигурийским племенем сабаци (итал. Sabazi), воевавшем на стороне карфгенян в Пунических войнах[2]. В результате Савона была покорена Римской империей. В средние века Савона воевала против Генуи на стороне императора Священной Римской империи Фридриха II. В 1440 воевала против Генуи на стороне Миланских Висконти, в результате чего подверглась разорению[2]. В XVI веке вступила в союз с французами, но вновь потерпела поражение и пострадала от вторжения генуэзцев[2].
В XIX веке Савона была оккупирована Наполеоновской Францией, но вскоре была покорена Сардинским королевством. Новые правители восстановили порт и основали в провинции железное производство[2].