Расположен на правом берегу протоки Томи, напротив Кижировского острова, в 21 километре к северу от Томска.
В южной окрестности посёлка находится устье реки Самуська. В окрестностях посёлка находятся несколько озёр, служивших популярным местом летнего отдыха жителей Томска и Северска. Озеро Круглое западным берегом вплотную примыкает к посёлку Самусь. Озеро вместе с расположенными западнее озёрами Митрево, Мальцево, Яково, безымянным искусственным озером к западу от озера Мальцево и безымянным озером по соседству с озером Яково входит в Особо охраняемую природную территорию местного значения «Озёрный комплекс п.Самусь». Озёра приурочены к поверхности второй надпойменной террасы реки Томь. Озёра представляют единую гидрологическую систему, связанную естественным поверхностным стоком в направлении гравитационного переноса. В рельефе они располагаются ярусами[2][3].
В ноябре 1879 года купеческий пароход «Гагара» с грузом нашёл спасение от надвигающегося ледостава в устье реки Самуськи[4]. С этого времени принято отсчитывать начало истории посёлка Самусь и Самусьского судостроительно-судоремонтного завода.
Команда парохода вырыла две землянки — под жильё и мастерскую. Во время зимовки был произведён ремонт парохода. Благополучно проведя зимовку, и, переждав весенний ледоход, судно продолжило дальнейший путь мимо Томска в Бийск. Весть об удобном месте для зимовки быстро распространилась среди судовладельцев[4].
Осенью следующего 1880 года, спасаясь от возможности быть затёртым льдом, в устье той же реки Самусь остановился на зимовку пароход «Арсений». Воспользовавшись примитивной базой, экипаж произвёл ремонт парохода и благополучно начал новую навигацию.
В 1881 году томский купец И. Некрасов уже специально располагает здесь на зимнюю стоянку и ремонт пароход «Благославенный».