В возрасте 16 лет Санча была выдана замуж из-за политических соображений за Джоффре Борджиа, внебрачного сына римского папы Александра VI. Они сочетались браком 11 мая 1494 в Неаполе. Джоффре было тринадцать лет, Санча была по крайней мере на три года его старше. Этот брак укрепил отношения между Ватиканом и королём Неаполя. В качестве приданого Джоффре получал Скуиллаче и Кариати, к которым позднее было прибавлено графство Альвито. В 1498 году папско-неаполитанский союз был скреплён новым браком: Альфонсо, брат Санчи, взял в жены сестру Джоффре — Лукрецию.
Поначалу молодые жили при неаполитанском дворе. Летом 1496 года Александр вызвал их к себе в Рим. Супруги въехали в город через Латеранские ворота, их приветствовали все кардиналы, послы, сенаторы, знать и именитые граждане города. По отзыву Скалона, Санча Арагонская была:
На самом деле не так хороша, как её описывают. Все её поведение и жесты напоминают о покорности овцы, смиренно отдающей себя волку. Ей более двадцати двух лет, она природная брюнетка, с блестящими глазами, орлиным носом, очень искусно себя подает, и в желаниях её невозможно ошибиться. Муж её смуглый юноша с длинными, слегка рыжеватыми волосами.