Основан в 1949 году (на основании распоряжения Совета министров РСФСР от 17 декабря 1948 года) как Южно-Сахалинский учительский институт, преобразованный в 1954 году в Южно-Сахалинский государственный педагогический институт. Изначально располагался в деревянном японском здании[2]. 13 октября 1961 года в новом четырёхэтажном здании по ул. Ленина, 290 был торжественно открыт главный учебный корпус[3]. В 1998 году преобразован в Сахалинский государственный университет, к которому было присоединено три колледжа, расположенных на территории Сахалинской области: Южно-Сахалинский педагогический, Александровск-Сахалинский и Сахалинский театральный. В 1999 году в состав университета вошел юридический факультет (филиал) ДВГУ, ныне Юридический институт СахГУ.
В 2012 году было принято решение о создании на базе СахГУ Технического нефтегазового института. Создание новой структуры обеспечивалось бизнесом, компанией «Эксон Нефтегаз Лимитед». Объём пожертвований со стороны компании составил $5 млн[4].
В настоящее время в университете обучаются около 7000 студентов. Их подготовка ведется по 28 специальностям высшего профессионального образования, по 13 направлениям бакалавриата, по 4 магистерским направлениям и 17 специальностям послевузовского образования (аспирантура). В университете 48 кафедр на которых работает более 350 преподавателей, в том числе 57 докторов наук,140 кандидатов наук и доцентов, 25 действительных членов и членов-корреспондентов российских и международных академий наук (Российской академии естественных наук, Академии социальных наук, Международной академии информатизации, Международной академии экологии и безопасности, Международной академии наук о природе и обществе, Нью-Йоркской академии). Подготовка научных и научно-педагогических кадров высшей квалификации в СахГУ осуществляется по 15 научным специальностям аспирантуры. Вуз осуществляет подготовку аспирантов для филиалов вузов Дальневосточного федерального округа, имеющихся на территории области.
В 1989 году между Хоккайдским университетом и Южно-Сахалинским педагогическим институтом был заключен первый международный договор о сотрудничестве. С этого момента началась международная деятельность будущего СахГУ.