Госуда́рственный приро́дный биосфе́рный запове́дник «Сая́но-Шу́шенский» — заповедник в малодоступном районе Западного Саяна на юге Красноярского края на левом берегу реки Енисей в зоне влияния Саяно-Шушенского водохранилища.
Изучает влияние водохранилища на природное сообщество. Основной охраняемый вид — снежный барс. Животный мир заповедника чрезвычайно разнообразен, почти 100 видов являются редкими, исчезающими и включёнными в Красную книгу. Большую часть заповедника занимают леса. Главная ценность — сибирский кедр. Площадь кедровников превышает 1000 км². Входит в состав ассоциации заповедников и национальных парков Алтай-Саянского экорегиона.
Саяно-Шушенская ГЭС проектировалась с 1961 года, c 1966 началось строительство, а в 1975 был перекрыт Енисей. Но ещё в 1967 году появились первые публикации о необходимости создания заповедника в зоне будущего водохранилища: для того, чтобы можно было изучить, что было, что будет в будущем и что есть на самом деле. В 1976 году был организован заповедник. Это был обычный природный заповедник в системе Главохоты. Благодаря его своевременному созданию сотрудники заповедника успели собрать «срез» информации с тех площадей, которые в дальнейшем были затоплены.
Любое водохранилище — это достаточно большая нагрузка на экосистему. И такие нагрузки, естественно, должны быть просчитаны заранее, и соответственно заранее должны быть приняты какие-то компенсационные мероприятия. Причём они должны быть абсолютно адекватными — только в этом случае тот урон, который приносит окружающей среде любая ГЭС, будет минимальным.
Заповедник сразу создавался как одно из компенсационных мероприятий при строительстве ГЭС. Перед заповедником стояла задача сохранить экосистему в том состоянии, в каком она была на момент создания заповедника. В силу его труднодоступности в те годы на территории заповедника не было ни браконьеров, ни лесозаготовителей. Он располагался на площади почти в миллион гектаров, но против этого выступили геологи, обнаружившие значительные залежи асбеста, которые в будущем планировалось использовать. Поэтому заповедник занял свою нынешнюю площадь в 400 тысяч гектаров. С 1978 года начались исследования по всем аспектам — изучался растительный и животный мир, геология, снеговой покров, вода и т. д.
С 1985 года заповеднику был присвоен статус биосферного, то есть его включили в систему международных заповедников ЮНЕСКО. По его новому статусу исследования стали носить комплексный характер. Если в обычном заповеднике азот, пестициды и некоторые другие показатели не фиксируются, то теперь, после строительства специальной станции комплексного фонового мониторинга, начали отслеживать практически все параметры окружающей среды. На регулярной основе проводились анализы растительного покрова, брались пробы снега, которые обрабатывались в отделениях Гидрометцентра Хакасии и Новосибирска.