Основан в 2018 году под названием «Юниор Севан». Учредителем клуба стала сеть футбольных школ «Юниор»[1][2].
В сезоне-2018/19 принял участие в турнире Первой лиги[3][4], в котором занял 1-е место, но не перешёл в Премьер-лигу из-за неполучения соответствующей лицензии[5]. 25 июня 2019 года сменил название на «Севан»[6]. В сезоне-2020/21 занял 1-е место и вышел в Премьер-лигу (в заключительном туре был обыгран «Пюник-2» со счётом 7:1), при этом в весенней части команда выиграла все 13 матчей, а победная серия составила 14 игр[7].
В сезоне 2021/22 клуб начал выступать в Премьер-лиге, где провёл 13 игр, из которых 5 выиграл, 5 сыграл вничью и 3 проиграл, разность мячей — 14-11.
1 декабря 2021 года Дисциплинарный комитет Федерации футбола Армении проголосовал за исключение «Севана» из Премьер-лиги Армении после того, как он не явился на 2 матча подряд (против «Алашкерта» и ЦСКА). В результате все результаты «Севана» были исключены из таблицы чемпионата[8].
В сезонах 2018/19 и 2019/20 проводил домашние матчи на поле тренировочного центра в Дзорахбюре (Котайкская область)[9][10]. В сезоне 2020/21 — в Аштараке (на стадионе «Касахи Марзик») и Ереване (на стадионе «Мика»)[11]. На стадионе в Севане в рамках проекта Федерации футбола Армении по строительству и ремонту футбольных стадионов и спортивных школ[12] проводились работы по реконструкции[6][13][14], которые были приостановлены вследствие уголовного дела о злоупотреблениях[15][16][17].