Профессиональный футбольный клуб «Севастополь» был зарегистрирован 5 июля 2002 года[1], когда президентом клуба стал Александр Красильников, президент и владелец фирмы «Крымнефтесервис», главный спонсор клуба. Команда была сразу зачислена во Вторую лигу Украины. Тренировать команду был приглашён Валерий Петров. Также был приглашён ряд известных и опытных игроков, таких как Сергей Леженцев, Андрей Опарин, Александр и Геннадий Кунденки, Сергей Есин и Дмитрий Назаров.
Первым сезоном в истории «Севастополя» стал сезон 2002/03. Начало выдалось неудачным — четыре поражения в четырёх матчах, самым разгромным из которых стало домашнее поражение в кубковом матче с одесским «Черноморцем» — 0:6[2]. Первый успех пришёл в 4 туре, 25 августа 2003 года, когда моряки в домашней игре победили «Титан» из Армянска (1:0)[3]. Далее до конца первого круга «Севастополь» на своём поле не потерпел ни одного поражения. По итогам дебютного сезона «Севастополь» занял 9 место в турнирной таблице.
Следующие два сезона «Севастополь» провалил. В чемпионатах 2003/04 и 2004/05 «Севастополь» занимает 10-е и 13-е места соответственно.
Переломным моментом стало назначение на пост главного тренера Сергея Пучкова, под руководством которого клуб в следующем сезоне борется за выход в Первую лигу, но занимает 3-е место, пропустив вперёд «Николаев» и «Александрию».
В сезоне 2006/07 «Севастополь» досрочно вышел в Первую лигу. Наряду с успехом во Второй лиге команда добилась высоких успехов и в Кубке Украины, обыграв на своём пути представителей Первой лиги ахтырский «Нефтяник-Укрнафта» (2:0) и луцкую «Волынь» (3:0) и представителя Высшей лиги донецкий «Металлург» (4:1)[4]. Остановил успешное выступление моряков, донецкий «Шахтёр».
Дебютный сезон 2007/08 в Первой лиге для команды оказался не слишком впечатляющим. В 38 матчах команда одержала только 12 побед, и заняла 15-е место. Сезон 2008/09 оказался успешным, команда заняла 4-е место в чемпионате, уступив только «Александрии», «Оболони» и «Закарпатью».