Клуб основан в 1958 году как «Локомотив» Улан-Удэ и заявлен в класс «Б» (уровень первой лиги) чемпионата СССР. С 1958 по 2003 год команда носила статус профессионального клуба, пока в 2003 году профессиональный футбольный клуб «Селенга» не прекратил существование из-за неудовлетворительных результатов и в связи с плохим финансированием.
В сезонах 2004—2007 клуб продолжил выступления на любительском уровне под наименованием «Коммунальник». С 2008 по 2010 годы клуб не заявлялся даже в любительскую лигу в связи с тем, что в Бурятии не было полей, отвечающих требованиям турниров. Клуб заново был возрождён в 2011 году под названием ФК «Селенга». А в апреле 2017 года новый спонсор команды сменил её руководящий состав и название на ФК «Бурятия»[1].
С 1958 по 2007 годы клуб проводил домашние матчи на стадионе им. 25-летия Бурятской АССР вплоть до решения о сносе стадиона и строительстве на его месте Физкультурно-спортивного комплекса (ФСК). Летом 2011 года открывается новый стадион на набережной Селенги, вместимостью 10 000 мест, и ФК «Селенга» заявляется на участие в любительской лиге.
В течение всей своей истории главная команда из Улан-Удэ постоянно меняла своё название. В 2017 году команда получила уже своё седьмое имя — «Бурятия».
Итого: С 1958 по 2023 годы командой проведено 63 сезона. Из них 46 в профессиональном статусе и 17 — в любительском.
По состоянию на 13 сентября 2024 года