Се́мя — особая многоклеточная структура сложного строения, служащая для размножения и расселения семенных растений, обычно развивающаяся после оплодотворения из семязачатка (видоизменённый женский спорангий) и содержащая зародыш.
Хотя семя нередко описывают (в том числе и в авторитетных источниках) как «орган семенного размножения растений» (реже — «орган полового размножения растений»), семя не является органом в обычном значении этого термина, так как в нём объединены структуры двух (у голосеменных — трёх) разных поколений жизненного цикла. Органы полового размножения (половые органы, гаметангии) у голосеменных растений представлены архегониями, а у цветковых редуцированы. Более оправданно определение семени как «зачаточного растения» (его дают многие школьные учебники ботаники); это определение подчеркивает, что из семени разовьётся новое поколение (спорофит) растения. При этом остальные части семени, кроме зародыша, можно считать добавочными структурами (органами), которые обеспечивают развитие зародыша.
В природе существует чрезвычайно огромное разнообразие семян, которое представлено разнообразием строения семенной кожуры и прилегающей к ней запасающей ткани, степенью развития, формой и положением в семени зародыша, а также внешним видом — формой, размерами, окраской, типом их поверхности, наличием разного рода выростов (волосков, летучек и т. п.). Минимальные размеры имеют семена орхидных и заразиховых; их масса составляет 0,001—0,003 мг. Максимального размера достигают семена сейшельской пальмы Lodoicea maldivica — нескольких десятков сантиметров в диаметре и масса около 20 кг. Разнообразие форм семян необычайно. Преобладающее большинство семян имеют шаровидную или эллипсоидальную форму, часто встречаются семена бочковидные, веретеновидные, кеглевидные, ладьевидные и т. д. В зависимости от типа поверхности семена могут быть голыми, опушенными, волосатыми, а также гладкими или морщинистыми, складчатыми и т. д. Цвет семян также весьма различен[1].
Семя развивается на поверхности семенной чешуи. Оно представляет собой многоклеточную структуру, объединяющую запасающую ткань — эндосперм, зародыш и специальный защитный покров (семенную кожуру). До оплодотворения в центральной части семязачатка имеется нуцеллус, который постепенно вытесняется эндоспермом. Эндосперм гаплоидный и образуется из тканей женского гаметофита.
У саговников и гинкго наружный слой семенной кожуры (саркотеста) мягкий и мясистый, средний слой (склеротеста) твёрдый, а внутренний слой (эндотеста) к моменту созревания семени плёнчатый. Семена распространяются различными животными, которые поедают саркотесту, не повреждая склеротесты.
У тиса и подокарпуса семена окружены мясистым ариллусом — сильно видоизменённой чешуёй женской шишки. Сочный и ярко окрашенный ариллус привлекает птиц и некоторых насекомых, которые распространяют семена этих хвойных. Ариллусы многих видов подокарпуса съедобны и для человека.