Сын фараона Мернептаха и царицы Истнофрет II[1]. Единственный из четырёх наследовавших Мернептаху фараонов (включая Аменмеса, Рамсеса Саптаха, Таусерт), чьё правление считалось легитимным.
Главными супругами Сети были царицы Таусерт и, предположительно, её мать Тахат I (либо её супругом был Мернептах)[2]. Нет иных сведений об общих детях Сети и Таусерт, кроме упоминания в гробнице KV56 дочери[1]. Также известны жёны Сети Тия[3] и Сутаилья/Шотерая, мать его наследника Саптаха[4]. Таусерт после смерти супруга станет регентшей при Саптахе, а затем последним правителем XIX династии[5].
Сыном Сети, рождённым на последний год его царствования, был Сети-Мернептах, который, предположительно скончался на 4 году правления брата Саптаха. Мать принца неизвестна[1]. Предположительно, в обнаруженной Эдвардом Айртоном в 1908 году «Золотой гробнице» (KV56) могла быть похоронена дочь Сети II. В гробнице находились предметы с именами царицы Таусерт и Сети II[6].
Осквернённые царские имена Сети в его гробнице KV15 в его правление указывают на факт одновременного существования Сети и Аменмеса, который не был его предшественником. По приказу Сети затирание его имён были исправлены. Это подтверждает, что правлению Сети в Фивах угрожало возвышение соперника — Аменмеса в Верхнем Египте[7]. Египтолог Герман Шлёгль полагает, что Аменмес был внуком Рамсеса II и при Мернептахе занимал должность Царского сына Куша, который восстал против Сети, захватив, Верхний Египет[8]. Немецкий египтолог Вольфганг Хельк отметил, что правление Аменмеса зафиксировано в Верхнем Египте на нескольких остраконах 3-го и одним остраконом 4-го годами правления[5]. Несколько документов и папирусов подтверждают, что в первые два года Сети удерживал власть в Фивах. Однако нет упоминаний в Верхнем Египте о правлении Сети в его 3-й и 4-й года правления в связи с контролем Аменмеса над этим регионом[9]. Несмотря на попытку Аменмеса установить контроль над всем Египтом, он потерпел поражение от своего соперника и правопреемника Мернептаха — Сети II. После победы Сети устроил проклятье памяти против всех надписей и памятников Аменмеса и его приверженцев в Фивах и Нубии, а также в его гробнице KV10[10].
Сети, ещё при жизни своего престарелого отца Мернептаха I, правил за него страной. По-видимому, царствование Сети было довольно мирным.
При Рамсесе-Саптахе (согласно другим исследованиям, в правление Аменмеса) Сети II был наместником в Нубии. Сети достиг некоторой стабильности и построил 2 храма (в Карнаке и Шмуне-Гермополе).