Сформирован 31 августа 1771 как Бийский пограничный гарнизонный батальон для Кузнецкой линии. 31 августа 1797 года переформирован в Гарнизонный генерал-майора Богданова 3-го полк однобатальонного состава. 4 марта 1800 как Батальон полковника Бегунова вошёл в состав Гарнизонного генерал-майора Ретюнского полка.
22 июля 1801 года выделен как самостоятельный Бийский гарнизонный батальон. В 1825 году переведён на Ишимскую Линию в Пресновскую и Пресногорьковскую крепости. 2 июля 1826 года переименован в Пресногорьковский гарнизонный батальон.
19 апреля 1829 года переименован в Сибирский линейный № 2 батальон, 18 марта 1865 года — во 2-й Сибирский линейный батальон, 6 августа 1865 года — во 2-й Западно-Сибирский линейный батальон.
В конце 1880-х годов переведён на Дальний Восток. 30 апреля 1891 года переименован в 8-й Восточно-Сибирский линейный батальон. 14 июня 1896 года развёрнут во Владивостокский крепостной пехотный полк пятибатальонного состава. 17 октября 1899 года переформирован в 1-й Владивостокский крепостной пехотный полк трёхбатальонного состава[1].
30 октября 1903 года переформирован в 29-й Восточно-Сибирский стрелковый полк двухбатальонного состава[2]. 10 февраля 1904 года приведён в трёхбатальонный состав. К лету 1905 года приведён в четырёхбатальонный состав. 20 февраля 1910 года переименован в 29-й Сибирский стрелковый полк.
Осенью 1914 года полк понёс большие потери в Польше и Восточной Пруссии. К 21 декабря в полку оставалось 37 офицеров и 2811 нижних чинов (некомплект — 41 офицер и 828 нижних чинов).