Издательство основано в 1999 году для издания и распространения гуманитарной литературы. В январе 2005 года было юридически реорганизовано в Издательско-торговый дом «Скифия» (ИТД «Скифия»), однако в издательской, читательской и авторской среде по-прежнему позиционируется как издательство «Скифия».
С самого начала работы издательство ориентируется на издание гуманитарной литературы самого широкого профиля — от литературоведческих серий, до литературы по психологии, философии, социологии, истории музыки. В частности, вызвала живой интерес и читателей и критиков книга Вячеслава Овсянникова «Прогулки с Соснорой» [1]. В 2014 году эта книга была удостоена премии имени Виктора Голявкина в номинации «Современная проза» [2] и всероссийской литературной премии имени А. К. Толстого [3].
Начиная с 2000 года, с выпуска первой мировой энциклопедии джаза на русском языке (Фейертаг В. Б. «Джаз. XX век. Энциклопедический справочник» [4]), издательство считается одним из флагманов по изданию джазовой литературы в России. Вместе с тем, «Скифией» издана первая подробная русскоязычная биография пионеров английского готик-метала — готик-дум группы Paradise Lost (Задорожный А.С: «Тени бога. История группы Paradise Lost»).
Издательство активно участвует в российских и международных книжных выставках и ярмарках, является неоднократным дипломантом в категории «За вклад в развитие книжной отрасли и популяризацию чтения в России».
Выходит с 2008 года. Основная задача серии — познакомить российского читателя с современной прозой славянских стран. В серии вышло три книги сербских и российских авторов. В 2017 году серия частично переработала концепцию и была преобразована в «Сербику» [5], представляющую на русском языке наиболее известных авторов Сербии. К 2019 году в серии вышло уже более десятка книг, представляющих современную сербскую поэзию и прозу.
Художественная серия, выпускаемая в издательстве «Скифия» с 2013 года. Изначально была ориентирована на произведения современных авторов, работающих в жанре традиций русской классической литературы. Отбор участников проводится строго конкурсной основе. На январь 2017 года в рамках серии вышло 6 поэтических и 2 прозаических сборника.