Племянник иерусалимского патриарха Германа, выбравшего себе его в преемники.[1] Когда Софроний по приглашению дяди приехал из Стамбула в Палестину, то это вызвало недовольство как православной арабской общины, так и духовенства. В 1578-начале 1579 года по этому поводу был конфликт между патриархом Германом, вифлеемским митрополитом Иоакимом и монахами лавры Саввы Освященного. Чтобы достигнуть примирения в Палестину прибыли экзархи Константинопольского и Антиохийского патриархов. Состоялся церковный собор на котором конфликт был улажен и патриарший престол перешёл от Германа к Софронию.[2]
Об отношениях патриарха Софрония с Россией свидетельствует сохранившиеся послание царя Бориса Годунова патриарху: «и дочь моя Аксинья, — писал Борис к Софронию, — тебе, великому государю, челом бьет: икону, Спасов образ, да ширинку».[3]
Патриарх Софроний IV является участником распространённого православного предания о колонне в храме Гроба Господня в Иерусалиме, рассечённой благодатным огнём: