С запуском «Союз-29» 15 июня 1978 года началась вторая долговременная экспедиция на станции «Салют-6». До этого станция находилась в трёхмесячном автономном полёте после завершения работы предыдущего экипажа «Союз-26». Пробыв на переходной орбите двое суток, «Союз-29» состыковался со станцией 17 июня. Ковалёнок при этом стал первым космонавтом, посетившим станцию во второй раз[1]. Спустя неделю после адаптации и реактивации систем станции, космонавты приступили к установке привезённого оборудования и проверке системы ориентирования «Каскад».
28 июня к станции прибыл «Союз-30» с Петром Климуком и первым польским космонавтом Мирославом Гермашевским (второй космонавт по программе «Интеркосмос»). С этого момента на станции в третий раз за её историю было четыре космонавта одновременно[2]. Экипаж «Союза-30» вернулся на Землю 5 июля.
9 июля прибыл космический корабль «Прогресс-2», доставивший запас провизии, воды и топлива, оборудование для ремонта и научных экспериментов, а также фильмы и почту для космонавтов[1]. Разгрузка корабля заняла неделю, топливо было перекачано на станцию, после чего корабль был отстыкован и сведён с орбиты 4 августа.
Экипаж продолжил научные эксперименты, включавшие выплавку сплавов алюминия, олова и молибдена в печи «Сплав» и выращивание искусственных кристаллов в установленной в заднем стыковочном узле печи «Кристалл». Были получены теллурид ртути и кадмия.
29 июля экипаж выполнив выход в космос с задачей вернуть результаты эксперимента «Медуза» (образцы алюминия, титана, стали, стекла и различных полимеров), начатого в декабре 1977 года экипажем «Союза-26». Анализ образцов показал, что станция непрерывно подвергалась бомбардировке микрометеоритов, на их поверхности было обнаружено порядка двух сотен микрократеров. Результат данного эксперимента дал материал для работ по доработке противометеоритного покрытия будущих кораблей.
8 августа стартовал корабль снабжения «Прогресс-3», прибывший на станцию два дня спустя. Он доставил на станцию свежие продукты (включая свежую клубнику, лук, молоко), воздух, воду, вещи и письма для экипажа. Также была доставлена гитара для Иванченкова. Корабль был отстыкован и сведён с орбиты 23 августа.