Это список городов Японии, отсортированных по префектурам, численности населения, площади, плотности населения и дате основания. Большинство крупных городов в Японии — это города, определённые указами правительства. Города, имеющие региональное значение, обозначаются как центральные города. Токио не включён в этот список, так как город Токио прекратил своё существование 1 июля 1943 года и в настоящее время существует как особая «столичная префектура» (都 — то), с 23 «специальными районами» (каждый из районов наделён статусом города), составляющими прежние границы бывшего города в восточной части префектуры Токио.