Сеть особо охраняемых природных территорий Мадагаскара управляется Ассоциацией национальных парков Мадагаскара (АНПМ). Сеть включает три типа охраняемых территорий: 5 природных заповедников (категория Ia, IUCN), 21 национальный парк (категория II, IUCN), 20 заказников (категория IV, IUCN) и 8 участков устойчивого природоиспользования (категория VI, IUCN). Ещё 5 территорий в IUCN не включены.
Всего на Мадагаскаре насчитывается 59 охранняемых территорий, занимающих 17 553 км2 суши (2,95 %) и 4558 км2 моря (0,38 %)[1].
В 2007 шесть национальных парков Мадагаскара вошли во Всемирное наследие ЮНЕСКО под названием Влажные тропические леса Ацинананы: Марудзедзи, Масуала, Раномафана, Захамена, Андухахела и Андрингитра.