Ниже представлен список наиболее крупных и известных озёр и водохранилищ Эстонии. Озёра Эстонии занимают около 5 % территории страны, всего их насчитывается более 1100, почти все они имеют ледниковое происхождение[1]. По более точной информации, в Эстонии примерно 1200 естественных озер (имеющих площадь более одного гектара, то есть 0,01 км²) и они занимают 4,7 % площади страны[2].
Из тех озёр и водохранилищ Эстонии, что полностью находятся на её территории, лишь одно по-настоящему крупное — озеро Выртсъярв, имеющее площадь 269 км². Озеро Муллуту-Суурлахт во время максимальных паводков достигает 36 км², а площадь всех остальные озёр и водохранилищ Эстонии не превышает 10 км²: три имеют площадь от 5 до 10 км², все остальные — меньше.