Сто́ни-Брук (англ. Stony Brook) — посёлок (также невключённая территория и статистически обособленная местность, изначально деревушка) муниципального района Брукхейвен в округе Саффолк, штат Нью-Йорк, США. Сложившийся в колониальную эпоху сельскохозяйственный анклав, представлял собой курортную зону для отдыхающих, постепенно превращаясь в самобытный центр образования и туризма Лонг-Айленда. Несмотря на то, что посёлком Стони-Брук называют как жители, так и туристы, объект никогда не был юридически зарегистрирован государством.
Статистически обособленная местность соседствует с главным кампусом Университета Стони-Брук, крупного исследовательского центра Государственного университета Нью-Йорка , а также школой Стони-Брук , частным учебным заведением, подготовляющим учащихся к поступлению в колледж. Здесь также находится Лонг-Айлендский музей американского искусства, истории и экипажей и Частный коммерческий центр Стони-Брук , спроектированный в стиле типичных деревушек, характерных для Новой Англии.
Первое заселение Стони-Брука началось в конце XVII века. Первоначально местность была известна под своим родным названием Уоповог (англ. Wopowog), а затем уже как Стони-Брук. Оба названия, вероятно, принадлежат взаимосвязанным водоёмам в западной части деревушки. Освоение местности началось благодаря ассоциированной общине соседствующего Сетокета , первого поселения Брукхейвена, территория которого также была выкуплена у индейского племени сеталкотт в 1655 году.
В 1699 году у водоёма, ныне известного как Милл Понд, была построена мукомольная мельница. Действующая установка, заменившая в 1751 году оригинальную конструкцию, измельчала зерно в 1940-х годах, а потом была открыта для посетителей. Для проведения церковных служб и получения образования, коренные жители деревни должны были посещать учреждения в соседних общинах Сетокета и Сент-Джеймса . Во второй половине XVIII века хозяйственная деятельность начала смещаться от мельницы на север к гавани, поскольку были построены новые резиденции, многие из которых сохранились до сих пор.
В течение XVIII века Стони-Брук считался отдалённым районом для скромной торговли возле мельницы на пересечении Мэйн-стрит и Харбор-роуд. Развитие местности было остановлено из-за трудно доступной гавани относительно соседнего Сетокета и Порта Джефферсон . В 1840-х годах местный художник Уильям Сидней Маунт выступал инициатором призыва к выемке грунта в гавани. Дважды предпринимались попытки, но после того, как в обоих случаях гавань заполняла вода, усилия были прекращены. Недостаток ресурсов среди соседствующих портовых поселений, стимулировал создание в Стони-Бруке собственной экономической базы, ориентированной на сельское хозяйство и технологию производства глиночурки.