В 1526 году Тавернер был назначен кардиналом Томасом Уолси первым органистом и руководителем хористов в церковь Христа Спасителя в Оксфорде. В 1528 году ему объявили выговор в поддержке лютеран, однако он избежал наказания, так как был «всего лишь музыкантом». Кардинал Уолси лишился своего влияния в 1529 году, и в 1530 году Тавернер покинул собор. Он стал доверенным лицом Томаса Кромвеля, участвовавшего в роспуске монастырей. В 1545 году, незадолго до своей смерти, он был назначен на должность олдермена в Бостоне (Линкольншир). Похоронен под колокольней Бостонской приходской церкви (Boston Parish Church).
Большинство музыкальных произведений Тавернера — вокальная полифония: мессы, магнификаты и другие церковные сочинения. Основная масса его произведений относится к 1520-м годам в том числе мотет «Dum transisset sabbatum». Его самая известная месса основана на народной песне «The Western wynde» («Западный ветер»).
В период между 1526 и 1529 гг. написал мессу «Gloria tibi Trinitas». В конце (ординарного) стиха «Benedictus qui venit in nomine Domini» (Благословен гряды́й во имя Господне), распев, расположенный в альтовом голосе, Тавернер обогатил мелодически яркими контрапунктирующими голосами (начиная со слов «In nomine»), изложенными в виде простой имитации. Поначалу этот пассаж использовался сам по себе в инструментальных обработках современников. В дальнейшем, примерно на протяжении 150 лет тавернеровская мелодия «In nomine» приобрела в Англии чрезвычайную популярность в качестве основы для консортовых вариаций и фантазий.
Жизнь Джона Тавернера легла в основу оперы Питера Максвелла Дэвиса «Tavernerа» (1970). Именем Тавернера назван английский камерный оркестр и камерный хор «The Taverner Choir, Consort and Players» (осн. в 1973), специализирующийся на музыке барокко.